乡村振兴学院自成立之日起，就努力探索行之有效的学院运行机制。在经过充分调研的基础上，根据海南省委组织部的要求及“双学历”教育大专班“两委”学生的实际情况，逐步建立起适合学院实际的运行机制，力求高效率地服务乡村振兴学历教育，培养实用的“两委”人才。
乡村振兴学院首先根据《海南省农村党员干部和农民群众“双学历双轮训”教育工程实施方案》（琼组通[2020]14号）及《海南职业技术学院2019年扩招学生培养实施意见》（海职院教[2019]21号）文件要求，结合“两委”干部“双学历”教育专业实际，制订了《海南职业技术学院乡村振兴学院“双学历”教育专业课程设置及实施指导意见（试行）》和《海南职业技术学院乡村振兴学院“双学历”教育大专班教学管理规定（试行）》，并在实施了半年后根据实施的效果以及发现的问题，有的放矢地进行了调整和完善，按照“标准不降、模式灵活、适需有效”的原则，先后出台了《乡村振兴学院课程学习与考核规定（试行）》和《乡村振兴学院学生综合素质考评制度（试行）》，采取线上线下集中教学、项目化实践教学等教学形式，完善项目化管理，制定科学的考评制度，促进学生知识、能力和素质协调发展。
在“两委”干部“双学历”教育人才培养实践过程中，为做好线下集中教学保障工作，提高教学质量和学生学习成效，乡村振兴学院还结合实际制定了《乡村振兴学院线下教学保障工作方案（试行）》，建立起五级联动教学保障机制，实施效果良好。
乡村振兴学院经过近三年的运行，取得了一定的成绩，积累了一定的经验，为更好地服务乡村振兴学历教育，培养实用的“两委”人才，对教学管理规定和学生综合素质考评办法做了进一步的修订，使之更贴合实际，更高效地发挥作用。
乡村振兴学院针对“两委”干部的特殊性，采取行之有效的多种措施，完善项目化管理模式，建立人才培养多方联动机制，构建完备的考评机制，努力提高“两委”干部整体素质和能力，更好地服务乡村振兴。
